所谓脱水就是利用脱水剂将组织内的水分置换出来，以利于有机溶剂的渗入，这一过程称为脱水。脱水是否彻底，直接关系到组织是否能充分透明。一般我们总认为脱水主要跟高浓度酒精有关，而忽视了与低浓度的酒精关系，其实75-80%浓度的酒精具有极强的穿透力，在短时间内可以置换出大量的水份，而高酒精在组织固定不完全时，容易使蛋白质凝固，在组织的表面形成一层硬壳，使酒精难以渗透到组织块中间去，导致组织脱水不佳；其实高浓度酒精里只需脱去从低浓度到高浓度之间的水份，如果脱水时加温过高（超过35-50℃），使用丙酮等等，都容易导致组织收缩过度和组织发硬、发脆。组织脱水引起的组织发脆有三种原因：一种是组织固定不佳，酒精起到固定作用，从面引起组织质地发生改变；第二种是组织本身质地有关，如小动物肝脏，在切片时温度过低导致。第三种是假脆，是由于的脱水不足，组织在浸蜡时蜡无法渗透到组织中去，组织在高温下“干烤”导致发硬、发脆，切片会出现粉粉的或一丝丝的现象，子宫肌瘤等较硬的组织还会一棱棱的现象，甚至会整块整块往外崩；严重脱水不足的组织中间发软，甚至还会有水。
脱水的关键是如何使低浓度的酒精脱水时间和高浓度的酒精脱水时间的正确搭配，低浓度的酒精可以使组织收缩减少，并使组织更好切，高浓度的酒精使组织脱水更彻底。一般情况下，标本脱水时间（35℃）以75％酒精1.5小时,85％酒精2小时、95％酒精（2道大）各1个半小时至2小时、纯酒精（2道）各1个半小时至2小时；如果固定的好，95%酒精可以用无水酒精替代。小标本脱水时间与大标本差异不大，一般没必要分开，小标本发脆，往往是因为纸包太厚或相互粘在一起，导致组织脱水不彻底引起。如果由于时间关系，也可适当相应缩短。脱水时间长短，与室温高低有密切的相关,同时也与组织的厚薄，组织类型，组织固定的程度等条件都有关。我们在实践中发现，室温在15℃左右，可作为一个临界温度范围。当室温高于此温度范围时，组织容易脱水，可适当缩短脱水时间；而室温低于该温度范围时，应适当延长脱水时间。从规范化角度出发，应该尽可能的减少变量，也就是：温度、浓度和作用时间。如果一年四季都在一个恒定的温度下（35℃）最好，有条件的应该买全封闭自动脱水机。更换脱水液，应以量为基础，定量更换。根据我科经验，如试剂用量为500ml，每500个蜡块更换一次为宜。在更换脱水液时，不提倡全部试剂向前移的方法（可采用低浓度酒精全部倒掉的方法向前移），因为此法不能保证低浓度的酒精的浓度，而脱过水酒精内含有大量的杂质会影响脱水效果。只有保证各梯度酒精的真正浓度及纯度，才能做好每一批组织。常规切片脱水的原则就是在最短的时间内，使组织脱水彻底，收缩度、硬度适中，切片舒展、好切。

透明：
为了使石蜡能够浸入到组织块内，必须经过一种既能与脱水剂混合，又能与石蜡相溶的媒介物质，这个过程称透明。目前最好的透明剂是二甲苯。

     很多人认为二甲苯极容易使组织发脆，这个观点并不正确，在固定充分、脱水彻底的情况下，二甲苯并不会引起组织发脆，相反会使某些组织结构比较质韧的组织（比如子宫肌瘤等）由于透明充分而变的更好切。而所谓的发脆，往往是浸蜡过程中，组织内有水，与高温下的石蜡不相融导致组织干涸而致。另一方面是组织浸蜡充分后，组织恢复到其原有的质地，在蜡块冰冻的情况下产生的，如果用冰水或常温切片，就不会有脆的现象。所以二甲苯透明（2道）各30-60分钟，如果有时间，时间可以更长，透明充分，蜡也能浸的更充分。而二甲苯在高温下会加速将水置换出来，导致组织干涸，导致组织发硬，因此第一道蜡内的二甲苯不能多，要勤换；浸蜡时间长，如果组织内有水，同样也会发硬，道理是一样的。