组织透明后，在熔化的石蜡内浸渍的过程称为浸蜡。目的为了使石蜡渗透到组织中去。浸蜡温度过高（超过60℃），在蜡内加入二甲苯或由于透明时带入石蜡的二甲苯过多，如果组织内有少量水份，特别是小标本，会使组织内水份吸出导致组织干烤，引起组织发硬，还会使组织内的抗原受到破坏；所以浸蜡用的石蜡熔点应该在54-56℃左右（三道），时间：第一道：石蜡30分钟；第二道：石蜡60分钟；第三道：石蜡，90分钟以上。浸蜡温度控制在56～58℃左右。（硬脂酸石蜡1：3混合浸蜡，容易脱片，疏松组织在展片时容易散开，所以要用后面几道石蜡尽可能将硬脂酸洗净。一般不要使用此法）。用开放式的脱水机最好每天打开第一道石蜡的盖子，让二甲苯挥发掉。浸蜡用的石蜡如有杂质应该过滤，以防吸入组织内，造成切片刀刀口受损，或切片破碎和划痕增多。