组织透明后，在熔化的石蜡内浸渍的过程称为浸蜡。用其他浸透剂（如火棉胶、明胶等）渗入组织内部的过程可称为浸透或透入。浸蜡温度过高（超过60℃），在蜡内加入二甲苯蜡或由于透明时带进的二甲苯过多，都会导致组织发硬，还会使组织内的抗原受到破坏；所以作者主张浸蜡用的石蜡熔点在56℃（三道），第一道：石蜡30分钟；第二道：石蜡90分钟；第三道：石蜡，90分钟。浸蜡温度控制在56～58℃左右。（第一道也可用硬脂酸石蜡1：3浸蜡，不仅可软化组织，特别适用于比较韧、硬的组织，而且由于硬脂酸是弱酸性的，对细胞核有媒染作用，核浆比鲜明。但容易脱片；同时对疏松组织容易散片）。有条件的可以每天打开第一道石蜡的盖子，让二甲苯挥发。浸蜡所用的石蜡如有杂质尽可能过滤，以防附在组织上，造成切片刀刀口受损，或切片破碎和划痕增多。