分子诊断技术在检验医学的基础和临床研究中显示出强大的优势，例如，在乙型肝炎的诊断和治疗中，应用DNA定量技术为乙型肝炎的治疗和预后监测提供了重要依据，但近近不无症状乙型肝炎表面抗原携带者及乙型肝炎表面抗阴性者的人群中检出了前C终止密码子变异（G1896A）。研究表明，突变将导致乙型肝炎病毒继续复制，因此这一信息对于临床诊疗十分重要。又如庆大霉素等氨基糖苷类抗生素的毒副作用之一是诱发耳聋，且已证明线粒体DNA中12S rRNA基因A1555G突变和C1494T突变是氨基糖苷灶抗生素诱发非综合征耳聋的分子基础，即只有带有突变的个体在使用氨基糖抗生素后才发生耳聋，因此，检测12S rRNA基因突变对于指导临床用药具有重要意义。再如，最近我国研制的一种传染性非典型肺炎又称严重急性呼吸综合征（SARS）病毒全基因组芯片，覆盖了SARS病毒基因组的全部序列，旨在检测SARS病毒的同时全面监测该病毒全基因组变化，这种病毒全基因组时代。蛋白芯片，特别是免疫芯片（immunochip）等分子诊断学新技术的快速发展，又为肿瘤学（检测多种肿瘤标志物）、内分泌学（检测数种不同激素）、自身免疫诊断（检测各种过敏原）、血液学（输血筛选）及环境微生物监测等提供了新方法和新思路。2000年，Joos等应用免疫微数组实现了18种自身抗原的诊断；2001年，Huang等实现了基于抗体微数组的24种细胞因子的检测，这些新方法和新技术的广泛应用，不仅为临床医学提供更丰富、更有效的数据和信息，而且有利于临床医生对疾病进行全面分析，为实现“疾病以治疗为主转向以预防为产”奠定了基础。

       分子诊断技术虽然具有特异性好、灵敏度高、针对性强、诊断快速等优点，但其存在操作复杂和难经进行临床检验诊断，需要解决的关键是方法的标准化。《The Journal of Molecular Diagnostics》杂志曾在2001年基因技术用于疾病的诊断。FDA将着重检查评估家系遗传分子诊断的方法和实验室资历质等；实验方法的原理、步骤、应用范围报告方式，以及与临床诊断一致性等因素进行证，并在全美建立一个完善的遗传学检验的质量控制体系，规定报告模式和回馈给被检者的信息范围。专家认为，实施这一计划的目的即为了安全、有效、合法地进行分子诊断。我国各实验室建立了很多的分子诊断方法；有的已应用于临床，但往往存在方法不够成熟和稳定性的问题，也缺乏方法学的比较研究，导致检验结果难以为临床提供确切的信息，近年来有关部门已开始对感染疾病的病原微生物核酸的检测进行了管理，但尚未涉及致病基因检测领域，因此，建立分子诊断方法的金标准和标准操作等程序（standard operation procedure，SOP），并尽早制定出一个符合中国国情分子诊断监管体系已迫在眉睫。
       总之，分子诊断学将成为21世纪检验医学的主题。分子诊断技术将朝着高效、准确、灵敏和无创伤性的方向发展；21世纪是以生物技术为突出代表的生命科学和世纪，分子诊断的技术优势和巨大潜力，尤其是生物芯片的发展，将成为最有希望为改善世界各国，特别是广大发展中国家人们的健康状况做出贡献的生物技术之一。随着人类基因组计划的完成和蛋白质组计划的启动，分子诊断方法将极大的推动现代检验医学的发展，并在更深层次揭示疾病的本质，指导临床诊断和治疗。

存在的问题：    在分子诊断领域领域，真正应用临床使患者受益，开展的还比较局限，****的问题是假阳性和假阴性，因此建立费用低廉、结果可靠的、操作方便的分子诊断技术是迫切需要解决的问题，建立标准化的实验操作程序和标准化的分子诊断实验室，实现分子诊断标准化；除了要在诊断技术方面逐步实行标准化外，对肿瘤诊断指标也要进行标准化。随着人类基因组计划和后基因组计划的实施，分子诊断技术也将得到进一步的成熟和完善. 材料学、方法学、传感器和装置成为制约因素